1.中药专利申请存在的问题
我国中药专利保护的重要主题之一是中药复方和剂型。中药复方在专利中被称为中药组合物，由多味中药材组成，具有药理复杂、活性成分不明、疗效显著等特点，中药组合物类专利通常是针对某一疾病提供一种由多种药味相互配伍形成的复方，分析这类复方专利的审查意见通知书不难发现，审查员通常会认为专利技术方案记载的中药组合物中各组分均为中药领域已知的药味，且各药味的功效也可通过常规检索得到，只要依据中医痹痛病的理论，对所有具备相关功效的药味进行一定组合便能得到具有该技术效果的中药组合物。
我国中药专利申请的授权率低，一方面是因为中药具有整体性、传承性、活性成分不明、药效机理复杂等特点，专利审查中关于西药创造性的审查标准不太适用于中药，中药研发中有关药材炮制、配伍理论对中药组合物的指导作用在创造性审查过程中经常受到忽视甚至否定;另一方面是因为申请专利的中药复方通常是经过大量临床应用传承下来的古方，申请人申请专利时多是给出了临床的统计数据，例如对具有哪些病症的患者有效，但往往很难提供药方发挥作用的具体原理或者活性成分的药效实验数据，而在专利审查过程中，审查员往往更加看重权利要求中要求保护的技术方案是否比现有技术有更好的技术效果或存在预料不到的技术效果，难以认可申请人提供的临床统计数据能够证明其申请满足专利授权的“创造性”要求。
此外，中药材还讲究原产地，不同产地的同种药材其药性、药效也不尽相同，但是通过申请专利的方式保护由于原产地而产生的特殊药性、药效存在较高的难度。例如发明名称为“一种云牛膝茎和/或叶和/或根的提取物及其提取方法和应用”的发明专利申请(专利申请号：201610283822.4)，其公开了云牛膝的多糖提取物并研究了相关活性，现有技术中公开了怀牛膝的多糖研究，审查员因此认为采用云牛膝代替怀牛膝是常规替代，不具有创造性。但实际上中药材的原产地不同，其药效可能会有本质的区别，不做具体研究之前无法预见其效果，但是这一点在专利审查过程中很难被审查员所接受，使得不同产地的中药材专利申请难以获得授权。
2.中药专利保护面临的困境
在中药专利申请和审查过程中存在的问题直接导致我国中药领域有效的专利少，高质量、高价值的专利更少，进一步导致中药专利权人寻求专利保护的积极性不足。从前述中药专利侵权纠纷案件的检索分析中也可看出，我国中药专利保护确实存在着案例少、效果差的问题。
中药专利保护存在的一个难点是保护范围易于被规避。西药可以用化学结构式或结构通式来定义要保护的一种或一类化合物，其保护范围可以很清晰地依据权利要求书的记载来确定，除非专利记载与实际药品成分不符，否则仿制药规避核心化合物或通式专利的难度非常高。而中药大多为复方，可能含有成百上千种成分，在申请专利时很难像西药一样，提供药物组合物中的具体成分及其配比的数据，导致中药专利权的保护范围不够清晰，所以当专利权被侵犯时，专利权人难以将其专利与侵权产品作技术特征上的比对，侵权认定十分困难。
而且，中药药方讲究的是一人一方，是在中医药理论指导下，针对中医病症的病因、病机、病性、病位，辩证审因、决定治法之后，应用“君臣佐使”等组方原理将中药配伍组合而成的，根据患者证候的不同，衍生出不同的针对性处方，通常很难对活性成分进行准确的定性和定量。针对开放式权利要求，由于各种药味组分通常难以上位，其中的一些组分容易被其他具有类似功效的药味替代，导致开放式的中药组合物的保护范围也容易被规避。而由于专利法规定权利要求应当得到说明书的支持，很多中药组合物专利最终授权的权利要求范围是封闭式权利要求，针对此类封闭式权利要求，减少药味即可轻易规避专利权利要求的保护范围。针对上述情况，在进行专利侵权比对时，因为存在个别药味的缺失，不符合全面覆盖的原则，很难认定为相同侵权或者等同侵权，这是目前中药专利保护普遍存在的难题。
