根据海关估价规则，进口货物如与特许权使用费相关，而货物进口价格未包含该特许权使用费的，货物进口方应向海关申报对外支付特许权使用费的情况，并将之计入货物完税价格，进而缴纳进口关税和增值税。
也就是说，本来估价100万美元的货物由于没考虑到知识产权特许使用费的因素，这时，进口方需就特许权使用费与特定进口货物无关承担举证责任。进口方如果未尽该举证责任，海关即有权将相关的进口货物所对应的特许权使用费计入该进口货物完税价格，有可能会在进口时遭遇海关进行包含知识产权特许权的“真实估价”而达到1000万美元，按照货物的进口税率，征收进口关税与增值税，这样而增加的关税成本往往是不能承受之重。
另外，即便进口方可以证明所支付或者应付的特许权使用费与特定进口货物无关，如果海关证明存在法定“视为相关”的情形，海关仍然有权就特许权使用费征税。依据所许可的知识产权内容不同(专利权、商标权、著作权、专有技术、分销或转售权)，“视为相关”的情况也有所不同。
因此，在海关调查或者稽查案件中，企业需要证明不存在法定“视为相关”的情形，此点至为关键。但是，由于企业在订立知识产权许可协议时，为证明特许权使用费数额的合理性，往往将所有看来有关的知识产权权利全部列入许可范围，而不论是否实际发生了许可使用。这种做法严重影响了企业证明不存在“视为相关”的情况的能力，增大了海关征税的风险。
如果企业无法证明特许权与进口货物无关，则之前未申报特许权使用进而造成抵缴关税的行为，可能属于违规，一旦海关调查发现存在故意偷逃关税，则甚至可能构成走私。除了特许权使用费与进口货物的相关性之外，就特许权使用费所应征税的进口货物范围也很关键。法定的标准、相关的海关实践，与企业直观地理解相去甚远，不同的海关也有不同的做法。所有这些均导致与特许权使用费相关的诸多关税问题异常复杂，在法律上存在相当的技术性，必须慎之又慎。
一些跨国企业不止一次提出，既然特许权使用费的金额一般按照国内销售金额的百分比计算，因此那些计入特许权使用费的国内销售产品，与特许权使用费有关。但是，从法律的角度来看，这些特许权使用费的计算标准，仅仅是计算标准，它本身并不是判断进口货物相关性的依据。关键的问题，仍然是企业能否证明不存在法定的“视为相关”的情况。
特许权使用费的关税风险，已经成为在华跨国公司需要重视的法律及合规问题。在订立知识产权进口许可协议时，企业必须弄清如下法律问题：企业可否证明，所支付的或者应付的特许权使用费与进口货物无关。如可证明，则无关税问题;如不能证明，则必须申报特许权使用费。有关关联性、有关进口产品的范围、应税的特许权使用费的金额等，均可以根据企业情况，预先进行协议及法律安排。
