高新技术企业认定申请需要提供两类审计报告：一类是认定期年度审计报告，另一类是专项审计报告——后者对于高新技术企业认定申请具有特殊用途，表明注册会计师按照审计准则和《工作指引》规定执行高企认定专项审计业务，能够对申报企业的研究开发费用结构明细表和高新技术产品(服务)收入明细表不存在重大错报获取合理保证。
当然，我们需要明白：高新技术企业内部控制宗旨和高企认定审计目的截然不同，注册会计师是对申报企业编制的申报明细表作出评价，并非对企业所有的控制发表审计意见。
高新技术企业认定申请需要出具审计或鉴证报告的材料
企业近三个会计年度(实际年限不足三年的按实际经营年限)研究开发费用专项审计或鉴证报告,并附研究开发活动说明材料;
近一个会计年度高新技术产品(服务)收入专项审计或鉴证报告;
经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告(包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书)。
