总的来讲，申报高新技术企业过程中会产生以下几部分费用：
①审计报告费用：根据企业资产及营收情况进行测算
②知识产权费用：根据认定条件，认定时需要1件以上一类知识产权或5件及以上的二类知识产权
③代理费：根据企业综合情况定价(如企业自行申报，则无需此类费用)
下面详细来看：
一、高新企业代理费
1、第三方认定(整体统筹规划)：最能体现第三方认定服务水平，整个认定过程中价值的体现，好的整体统筹规划能够确保整个认定过程的顺利进展，好的专家和一般水平的服务人员的价格相差巨大，传统企业统筹到高新技术企业的专家最高收费可能上几十万，本身是高新领域的企业认定时可能不收费或者少收费，价格在1-5万元。
2、第三方认定(申请表编制)：主要是RD表和PS表的编制，能够体现企业的高新技术和核心技术，能够确保企业的技术属于高新技术领域，价格在1万元左右。
3、第三方认定(材料整理编制)：包括并不限于企业的研发管理体系的建立和实施整理、各项材料的整理编制、科技成果转化的整理编制等，整份材料涉及到多方面，好的材料整理编制能够让评分上升，价格在1万元左右。
4、第三方认定(疑难杂症处理)：属于特殊费用，不同的企业会涉及到不同的问题，属于不正常收费，收费情况看第三方服务水平和技术能力。
二、高新企业知识产权授权：
发明专利等I类专利以授权或者转让的费用不等，从申请到授权时间跨度大，基本以两年以上为主，转让时间为1-2个月为主，自主申请授权费用较少，基本在1万元左右，转让费用看专利的价格，低的几千，高的上万到十几万(一般情况下，以高新技术企业认定需求的发明专利转让以符合企业技术的低价格发明专利为主);实用新型专利和软件著作权为II类专利，申请到授权时间比较短，价格比较低，整个高新认定需要II类专利至少6个以上为最佳。
三、高新企业财务费用：
1、年审报告：三年的年审报告，年审报告数据要跟高新技术企业认定里面的研发费用等数据一致，基本需要重新出具年审报告。
2、研发费用的专项审计报告：有资质的会计师事务所出具的三年研发费用的专项审计报告，研发费用需要符合高新技术企业认定的比例，价格根据企业的资产和研发费用不等，有行业标准。
3、高新产品的专项审计报告：有资质的会计师事务所出具的最近一年的高新产品的专项审计报告，报告价格根据企业的资产和高新产品费用不等，有行业标准，一般情况下两份专项审计报告同时由一个会计师事务所出具，价格统一报价。
4、三年研发费用的归集：由企业会计归集或者代理记账公司归集，一般情况下企业本身三年正常研发费用的单独建账不需要费用，费用根据研发费用和企业账目核算，一般300元-500元/月，三年的研发费用需要全部归集。
四、高新企业查新检测费：
科技成果转化年平均5项以上，国家高新技术企业认定一般需要16项科技成果，每项科技成果转化需要三项以上证明材料，总证明材料需要48份以上，证明材料包括并不限于科技查新、专利证书、用户使用报告、销售证明、工艺流程、企业标准、第三方检测报告等，科技查新一般500元/项，第三方检测报告一般3000元/项，需要多少份符合要求的科技查新和第三方检测报告，由具体情况而定。
五、产学研合作：
由企业和大专院校等机构签订的产学研合作协议，协议必须要有，且必须要实际发生，价格根据实际情况而定，产学研费用跨度很大，小的合作万元左右，大的合作百万都不止。
国家高新技术企业认定是一项系统工程，也是一项跨度三年以上的工程，涉及到的费用也方方面面，小编给的也是一个市场参考价格，具体的价格根据企业的不同而不同。
高新技术企业代理服务内容
(1)帮助企业做好研发费用归集，并建立辅助账，辅助所得税汇算清缴申报加计扣除，研发人员的归集，高新技术产品、科研项目的归集等。
(2)辅助企业做好知识产权规划，指导企业申报知识产权。
(3)辅助企业开展高新技术企业申报。
(4)关注后期政府奖励通知，随时通知并协助企业申请政府奖励资助。
(5)对202X年成功认定的国家高新技术企业在有效期内(三年)，帮助企业完成每年高新技术企业的火炬调查报表、发展年报报表和重庆市科技型企业年报报表的填报。
(6)为企业提供3个年度项目规划，包括高新技术企业范围内及其延伸的相关业务，如研发费用加计扣除、高新技术产品、科技计划等，辅助企业规范发展，确保在有效期内保持符合高新技术企业认定条件，满足到期后高企再次认定。
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