IATF16949标准与ISO9001标准相比其主要的差别在于：
1、在内容上的区别
IATF16949从标准的内容上来说比ISO9001标准多，从结构上讲，其分为三个部分：
第1部分：是以ISO9001为基础的要求;包括ISO9001标准的全部条款，所以认证了IATF16949.可以不用认证ISO9001.当然也可以增发，不需要额外对ISO9001进行单独审核;
第2部分：行业特殊要求;不是汽车相关产品的生产是不可以认证IATF16949的，但非汽车产品可以认证ISO9001.只有汽车产品的设计或销售也同样是不能认证IATF16949;
第III部分:IATF16949在ISO9001基础上增加了五大工具的内容，即五大手册，在内部审核方面也在ISO9001基础上增加了产品审核与过程审核。
另外，IATF 16949 配套五大手册如下：
产品质量先期策划和控制计划(APQP)参考手册;
潜在的失效模式和效果分析(FMEA)手册;
生产件批准程序(PPAP)手册;
测量系统分析(MSA)参考手册;
基础统计过程控制(SPC)参考手册;
以上均在IATF 16949标准内被相互引用，其中包括大量为供方使用的表格，因此从这点来说，对体系的建立，相对ISO9001来得简单，而IATF16949比较复杂。
2、在要求上的区别
IATF 16949增加最多的部分如下：
业务计划，尽管这部分内容不须经第三方审核;
明确顾客满意、趋势和指示，基准等;
失效模式和效果分析(FMEA);
与政府安全和环境法规的要求一致;
过程能力分析;
生产件批准(PPAP);
测量系统分析(MSA);
组织交付能力的监控;
持续改进;
防错。
生产件批准为一种实用技术，它不仅仅被汽车行业采用。防错是应用过程或设计特性来防止不合格品的产生;
IATF 16949的先期质量策划拓展了ISO9001标准对质量策划的要求,同时将质量计划和控制计划结合在一起。
失效模式和效果分析作为一种策划工具，也可用作预防措施工具,对供方的管理比ISO9001要求明确，对供言的开发被作为IATF 16949的一个要求，同时要求供方必需通过PPAP。
3、另一与ISO9001标准有较大区别的是：IATF 16949更关注职业健康安全( ISO45001)和环境(ISO14000)要求而ISO9001更关注产品的质量。这一点很好理解.
