软件著作权的登记流程是：向中国版权保护中心提交按要求填写的软件著作权登记申请表;软件的鉴别材料;相关的证明文件。中国版权保护中心应当自受理日起60日内审查完成所受理的申请，申请符合法律规定的，予以登记，发给相应的登记证书，并予以公告。
软件著作权人办理计算机软件登记，要经过以下程序：
1、软件著作权人依法向中国版权保护中心提出登记申请;
2、中国版权保护中心收到登记申请后，依法进行60日的审查;
3、中国版权保护中心对审查通过的，应当予以登记，发给相应的登记证书，予以公告。
法律依据：《计算机软件著作权登记办法》
第七条
申请登记的软件应是独立开发的，或者经原著作权人许可对原有软件修改后形成的在功能或者性能方面有重要改进的软件。
第八条
合作开发的软件进行著作权登记的，可以由全体著作权人协商确定一名著作权人作为代表办理。著作权人协商不一致的，任何著作权人均可在不损害其他著作权人利益的前提下申请登记，但应当注明其他著作权人。
第九条
申请软件著作权登记的，应当向中国版权保护中心提交以下材料：
(一)按要求填写的软件著作权登记申请表;
(二)软件的鉴别材料;
(三)相关的证明文件。
第十九条
对于本办法第九条和第十四条所指的申请，以收到符合本办法第二章规定的材料之日为受理日，并书面通知申请人。
第二十条
中国版权保护中心应当自受理日起60日内审查完成所受理的申请，申请符合《条例》和本办法规定的，予以登记，发给相应的登记证书，并予以公告。
