涉密甲级资质证书办理流程主要包括以下步骤：
了解资质要求：申请单位需要详细了解涉密甲级资质的具体要求、标准和限制条件，确保自身在法人资格、财务状况、人员构成、保密制度等方面符合申请条件。
自我评估：对照资质要求进行自我评估，确保符合申请条件。
培训与教育：对涉密人员进行保密教育培训，提高保密意识和技能。
准备申请材料：根据要求准备详细的申请材料，包括但不限于《涉密信息系统集成资质申请书》、企业营业执照或者事业单位法人证书、在登记机关备案的章程、法定代表人及主要负责人情况、资本结构和股权情况、生产经营和办公场所产权证书或租赁合同、近三年集成业务合同清单、涉密集成业务场所和保密设施设备情况、基本管理制度和保密制度等。申请书及相关材料不得涉及国家秘密，申请单位应当对申请材料的真实性和完整性负责。
提交申请：将申请材料提交给国家保密行政管理部门。
受理申请：保密行政管理部门对申请材料进行初步审查，确认是否符合受理条件。申请材料齐全且符合法定形式的，应当受理并发出受理通知书;申请材料不齐全或者不符合法定形式的，应当一次告知申请单位补正材料。
书面审查：保密行政管理部门对提交的申请材料进行书面审查。
现场审查：对书面审查合格的单位，保密行政管理部门会指派工作人员和审查专家，依据涉密集成资质审查细则和评分标准，对保密制度、保密工作机构、保密监督管理、涉密人员管理、保密技术防护以及从事涉密集成业务的专业能力等情况进行现场审查。现场审查满分为100分，达到80分(含)以上为通过。现场审查程序包括提前通知申请单位现场审查时间、听取情况汇报、审查有关材料、与相关人员谈话了解情况、组织涉密人员进行保密知识测试、对涉密场所和设备进行实地查看、汇总现场审查情况并形成报告、通报审查情况并由申请单位法定代表人或主要负责人在报告上签字确认等。
专家评审：确有需要的，保密行政管理部门会组织专家开展评审。
审批：经过综合审查后，保密行政管理部门会作出是否批准的决定。对于符合条件的申请单位，将批准其获得涉密资质;对于不符合条件的申请单位，将说明理由并告知其申请未获批准。
颁证：对于获得批准的申请单位，保密行政管理部门将颁发涉密资质证书，并在官方网站等渠道进行公示。
