首先说明几点：
1.某件专利怎么撰写最好，首先需要考虑申请人想通过该专利达到的目的。比如，如果申请人只是将一项淘汰的技术作防御性的公开，此时大谈如何更好的保护该项技术，似乎是画蛇添足，甚至是在头痛医脚。本文适合于在确实需要保护该项技术时获得一些参考。
2.本文不探讨充分公开、创造性、单一性等方面的具体要求，可参考其它资料，例如张清奎所著《医药及生物领域发明专利申请文件的撰写与审查》。
3.本文以药物化合物作为讨论对象，至于其它化合物专利也可套用本文讨论的方法。
4.本文中部分观点可能会片面或有待商榷。代理师站在技术领域的门外难免会管中窥豹。
一、权利要求书
一、权利要求的主题
对于化学药物而言，有几个特点关乎专利的撰写：
①上市的化学药物均要注明活性成分名称、结构式及适应症。这意味着化合物和用途权利要求侵权认定会更简单。
②在向药监局申报/注册化学药时，需将实际的生产工艺进行备案。在侵权诉讼时，可以请求调取在药监局存档的申报资料。同时，针对新化合物的制备方法，适用举证责任倒置。这意味着不同于其它领域的方法权利要求，药物化合物的制备方法权利要求侵权取证/举证更容易。
③在化学原料药合成时用到的中间体，一部分是作为商品外购获得，意味着新的中间体有其保护的必要，尤其是合成路线必经的中间体。
所以，对于药物化合物专利，典型的保护主题(独立权利要求)有：化合物、制备方法、中间体、用途、组合物。
对于希望进入美国的PCT申请，还可以写进治疗方法权利要求，获得更全面的保护。
二、化合物权利要求
1、主题名称
主题名称中的用途限定是否会对权利要求的保护范围有所限制?比如“用于治疗…的化合物”。一般来说，只有用途限定隐含或导致产品具有特定结构时才有限定作用(参考(2019)最高法知民终657号)。但为了避免今后权利要求解释的不确定性，最好删除多余的限定，例如直接写成“1.式(I)所示的化合物”。
在药物研发过程中，发现活性化合物后，往往会探索将其制成盐、溶剂化物/水合物、酯等形式，以改善其理化性质、提高成药性。但在初次申请专利时，这些形式的探索往往尚未开始。如果在后续的专利申请中再将其保护，可能会因新颖性或创造性的问题而难以授权。而在核心化合物的专利中对其进行扩展保护，会遇到能否得到说明书支持的问题。综合考虑以上两方面，一般会扩展到药用盐的形式，写成“式(I)所示的化合物或其可药用盐/药学上可接受的盐”，其它形式一般难以得到说明书支持(可参考《审查操作规程·实质审查分册》)。
2、马库什结构（结构通式）
由于药物研发周期性很长，在初次申请专利时，申请人也许只获得了少数几个具体化合物，那如何扩展成马库什结构，是一项挑战。需要考虑下述几个方面;
①根据已有成果和新颖性检索，确定母核，即必不可少的结构(该结构也是评判单一性的特定技术特征)。
②在母核基础上，根据构效关系(包括推测)，设置若干R系列取代基团。对每一个R基团所涵盖的具体基团进行扩展，比如从甲基扩展到C1-6烷基。还可以根据电子等排理论进行不同基团的延伸，例如将羟基扩展为氨基。
③多数情况下，申请人在初次申请后的12个月内会要求优先权。要求优先权时，会将后续得到的化合物制备实施例、药理实验数据补入原始申请中。由于国内在能否享有优先权的判断上较为严格，例如结构通式一般不宜做改动，再有，在后申请新增的具体化合物，即便该化合物在通式范围内，也不能享有优先权。这就意味着在大概一年前就要对今后的补充有所预见。
所以，结构通式要尽可能的囊括今后一年预期的研发成果，同时将计划合成的化合物一并列举在实施例和从属权利要求中。
④结构通式是否要写的尽可能的“大”?凡事不过度是最好的。其一，这可能将现有技术中的化合物或类似化合物囊括进来，影响新颖性和创造性。其二，即便将后面要求优先权时补充的实施例纳入考量，也可能得不到说明书的支持。能否得到说明书支持的判断，一般以通过说明书记载能否预期到整个通式范围的化合物都能达到预期效果为准。例如，如果某个实施例化合物在某位点的取代基是乙基，那么扩展到R=C1-3烷基，一般是没有问题的，但如果扩展到R=C1-18烷基就成问题。这也提醒我们，实施例的设置和权利要求的撰写彼此呼应，牵一发也许就需动全身。
⑤假如有人说独立权利要求通式写的“大”一些，在从属权利要求做进一步限缩，如果后期得不到说明书支持，删除相关权利要求或删除相关并列方案即可。问题是，删除的处理方式在后期侵权诉讼时可能触发禁止反悔原则，反而不能适用等同侵权。
试举一例，权利要求1：“X包括A和B”，权利要求2：“其中A为A1”。后期修改删除权利要求1.保留权利要求2.意味着排除了A为A1之外的方案，即便侵权人的A为A1’的方案与其等同，也丧失将其纳入到保护范围的机会。倘若最初的权利要求1是：“X包括A1和B”，此时反而可以主张等同侵权。(参考(2011)民提字第306号)
3、从属权利要求的逻辑结构
这里不得不先重点提及对化合物权利要求撰写影响很大的一个案例：(2016)最高法行再41号。简言之，马库什结构作为一个整体，而非若干并列化合物的集合，在无效程序中对马库什权利要求的修改有诸多限制。简单举例就是，如果权利要求中界定“R1选自C1-6烷基、C1-6烯基、羟基或氨基;R2…”，如果在无效阶段修改为“R1选自C1-6烷基、C1-6烯基或氨基;R2…”很可能是不被允许的。[在实审阶段的修改相对宽松，删除通式化合物各取代基定义中一个或多个选项一般是被允许的，但是如果这种删除使得权利要求请求保护的通式化合物相当于数个具体化合物，而这些化合物中有的是原申请文件中并未明确记载的，则不被允许。可参见《审查操作规程·实质审查分册》]
要突破这个限制，只能在从属权利要求的撰写上下功夫。从属权利要求从多个不同的层次进一步限定出不同的保护范围，保护范围层层递减(有的还可以嵌套)，不同权利要求之间尽可能的有多个组合方案，使得后期无需采用删除并列方案的方式，只需删除整条权利要求即可实现。
试举一例。
“权利要求1：R1选自氢、C1-5烷基或C6-10芳基;R2选自卤素、C1-5烷基、C1-5烯基、C1-5烷氧基、羟基或氨基;…
权利要求2(引1)：R1选自氢或C1-5烷基。
权利要求3(引2)：R1选自氢。
权利要求4(引2)：R1选自C1-5烷基。
权利要求5(引4)：R1选自C1-3烷基。
权利要求6(引5)：R1选自甲基、乙基或丙基。
权利要求7(引6)：R1选自甲基。
…
权利要求10(引1-9)：R2选自…
…
权利要求20(引1)：R1选自…;R2选自…;…
…
权利要求25：具体化合物的列举。”
上述从属权利要求的设置需要研究实施例化合物结构与药效实验数据的关系，使得从属权利要求层层限缩，但效果越来越突出(形成一般、优选、更优选…多个范围)，或更容易得到说明书的支持，以至于权利稳定性越来越高。
具体化合物的列举非常重要，防止马库什结构多道护城河无法获权时，具体化合物可以做最后的盾牌。需要考虑两点：其一，如前述，要求优先权时新加入的具体化合物无法获得优先权，因此最好将今后一年内预计得到的化合物列举进在先申请，也能更好的支撑马库什结构，同时避免竞争对手选择发明。其二，列举的太多并非绝对是好事。如果列举的化合物数量远超今后一年的研发进度，很可能无法获得保护，而且限制了自己后续选择发明的机会。
上面的案例：(2016)最高法行再41号，对优先权的判断也有影响，这是由于将马库什结构视作整体。例如在后申请增加新的马库什要素(例如增加取代基的可选项)，一般并不能享有部分优先权。只有特定情形下，马库什结构可被视为多个并列具体化合物时，才能享有部分优先权。可以看出，首次申请中化合物权利要求的撰写是多么的重要。
三、其它权利要求
1、制备方法权利要求
根据侵权判定的全面覆盖原则，应避免将整个合成路线作为制备方法独立权利要求保护的内容。一般可以将最后一步作为独立权利要求的方案，或者是通式化合物在合成过程中所共同的一步，如果最后一步不具有这种共同性的话。
2、用途权利要求
制药用途权利要求也需要对适应症进行上位概括，例如：中枢神经系统相关疾病-心境障碍-抑郁症三个层次。
3、组合物权利要求
这里组合物权利要求主要是制剂权利要求。对于药物化合物专利，这项权利要求的撰写相对较简单，一般在化合物基础上添加“药学上可接受的辅料”或类似表述即可。
二、说明书
一、逻辑主线
有些人认为专利说明书读起来磕磕绊绊，读完一头雾水，反而能给竞争对手造成检索和理解上的障碍，不失为一种策略。但是撰写的最低限度，应该让审查员读懂，而如果脱离该领域研发的审查员尚且能够读懂的话，想给竞争对手造成障碍就显得有点太过自信了。
本文作者认为说明书的撰写最好体现一定的“故事性”，这较少被提及。诚然专利文件是法律文本，但它首先是文本。它的阅读者是发明人、审查员、法官、投资者、技术人员，理应保证一定的“易读性”，如果读起来引人入胜大概就是神作了吧。
这种“故事性”首先体现在有一条贯穿的逻辑主线：背景技术讲明白为什么需要研发该技术(现有技术存在什么问题或缺陷)，发明目的是为了解决背景技术中提及的问题或缺陷，在提出解决方案之前希望达到的预期目的，独立权利要求1所含必要技术特征恰好能实现该发明目的，有益效果与该发明目的呼应，且首先应陈述独立权利要求1带来的效果，实施例效果实验能够证明该有益效果，
形成一逻辑自洽的整体(“问题-解决-效果-证明”)。
这种“故事性”还可以加入一些“跌宕起伏的情节”，比如用“由于…所以需要…但是…于是…”或类似的连接词，讲述本发明的来之不易。这无疑对创造性争辩具有好处。
二、背景技术
背景技术应记载有利于理解本发明的背景知识。这需要技巧，以便非本领域的技术人员(比如现实中的审查员)能够从他的知识储备领域“平滑的”被引入到本发明中，即内容按人的认知顺序进行描述，从宏观到微观，从整体到局部。同时对本发明涉及的一些基础概念、应用场景、技术价值进行穿插讲述。
有少部分内容可以放在具体实施方式中，如果它出现在背景技术中会打断整个“故事”。
三、发明内容
1、技术方案
有些人写这部分内容，会直接把权利要求内容照搬过来，有的会在其中穿插记载所达到的效果。这会造成阅读的障碍，因为权利要求由于引用关系的存在，使得逻辑严明，但转移到发明内容部分后就只剩下混乱的堆砌。有些人还会将这部分内容如出一辙的复制到具体实施方式部分，造成整个说明书显得臃肿、重复。
说明书每个部分应承担不同的作用，比如具体实施方式是对整个发明详细的说明。那发明内容部分，本文作者认为可以实现另外一个鲜少被提及的作用，就是快速的了解本发明，适合对技术细节不太关注的投资者阅读，这会让他们更少皱眉头。
这样的话，技术方案部分完全没有必要全部照搬权利要求，只需将独立权利要求和少数几个重要的从属权利要求放进去即可，并且无需记载从属权利要求中技术特征的效果。
2、效果及对效果的补充
在这里建议对技术效果做一个宽泛的表述，以与独立权利要求相对应。
由于新修改的审查指南(根据公告第391号修正)允许补交实验数据(在意见陈述时补交)，对实施例的效果实验要求不再那么严格。但是有个基本的要求，就是原申请需明确记载或隐含公开补充数据拟证明的事实(参考(2019)最高法知行终33号)，意味着该事实要记载在发明效果里。新修改的审查指南3.5.2节针对药品专利补交实验数据给出两个例子，例一原始申请有相关效果描述及效果测试方法，例二有实施例化合物活性数据范围的笼统记载，可资借鉴。
对于一年内会提交在后申请并要求优先权的专利申请，需要特别注意。在后申请新增的实验数据如果是对在先申请技术效果的进一步丰富、完善，并未产生新效果，一般不影响优先权成立(201210399309.3无效案)。这意味着，效果的撰写需要“预见性地描述”，将一年内可能发现的效果作概略描述，防止不能够享有优先权。
四、具体实施方式
1、撰写框架及详细阐述
具体实施方式中的实施例和效果实验是必选曲目。而在实施例之前则是代理师自由发挥的舞台，这部分可以说非常重要，关乎充分公开、对权利要求的支持、获得较大的保护范围、以及后续修改的基础。[有些人将该部分放到发明内容中，也未尝不可，但考虑到发明内容部分可以实现其特定功能，本文作者建议将该部分内容放在具体实施方式中的实施例之前。]
这部分内容的撰写尤其需要保持一定的易读性，否则会非常的混乱。可以按认知顺序从宏观到微观，从整体到局部的描述。
(1)定义
一般首先要有“术语定义”的部分，对全文中的术语进行定义，尤其是权利要求中出现的术语要一一检查，是否需要额外定义(比如，不能确定是否是标准/通用术语，或者该术语指代的范围可变，例如烷基)。在后续出现权利要求保护范围不清楚需要进行权利要求解释时，可以作为内部证据，会优先参考。例如，一般要对马库什结构中各基本基团(例如烷基、烷氧基、芳基等等)及其取代基(尤其权利要求有“任选取代”“被取代”字眼时)进行定义和多个层次的例举，但要避免不假思索地照搬其它专利，最好为本发明量身定制。例如：
“术语“烷基”指直链或支链饱和脂肪族烃基。在一些实施方案中，烷基具有1-8个碳原子(C1-8烷基)。在一些实施方案中，烷基为C1-5烷基…。C1-8烷基的非限制性实例包括甲基、乙基…，及其各种支链异构体。烷基可以是取代的或非取代的，当被取代时，取代基可以在任何可使用的连接点上被取代。所述取代基独立地选自…。”
(2)本发明的详细阐述
接下来的内容，根据需要可以加各级标题，将标题加粗/加下划线，将内容分块描述，会更加明晰。比如：化合物;制备方法;用途;组合物。这部分内容是重中之重，需要对各个权利要求的技术方案和技术特征进行扩展描述，对各技术特征被引入的原因、目的、机理、作用/效果进行说明。各部分需要注意的内容如下：
①化合物：按权利要求的架构分级描述，每一级再进行扩展、举例，尽量穷尽所有不同取代基(及不同层次)的组合方式。使得后续权利要求修改(需要预见不同情形下的修改方式)时，总有一个恰到好处(不大不小)的范围表述。从独立权利要求1的最大范围逐渐递减式过渡到实施例的具体化合物，没有太大的跳跃。最后形成的是一个根状或血管状的网络，由主根到须根再到毛细根，越来越细且越来越多。
②制备方法：对每一合成路线(应该用结构通式表示)、每一步骤的所用试剂、反应条件逐层详细的说明，从独立权利要求的最大范围逐渐递减式过渡到实施例的具体合成方法。
③用途：可以对适应症从最广泛的说明，再到具体疾病的列举。有的疾病需给出病症的描述，以使得疾病名称所指代的含义更准确。
对于有些效果数据，可以在此进行总结，比如IC50值，这种总结可以根据实施例各化合物效果总结出由一般到最佳的多个范围，例如“本发明、本发明实施例、优选实施例…”。如果能针对不同取代基对数据的影响进行说明，对后续的修改和争辩是有好处的。关键是能够使不同的化合物被对应或归属到不同的效果数据范围内(可参考伟哥无效案，该案中“本发明特别优选的化合物”是指哪些存在争议)。
④组合物：对可以制成的各种剂型、各剂型所用辅料及用量、制备方法、给药方式、给药量进行详细逐层说明或一般性的说明。因为进行化合物专利申请时一般还未进行制剂的研究，多数情况可给出一般性的说明，例如“可以按照本技术领域中制备口服固体制剂的常规方法进行，如…”。
2、实施例
实施例的布置要考虑支持权利要求的保护范围。“支持”的大致要求就是，本领域技术人员根据说明书的记载基本能够制备得到权利要求范围内的所有化合物(可以通过类似方法或常规方法)，基本能预期这些化合物都能达到发明效果。所以这关乎制备实施例和效果实验两方面。可以根据“结构相似和效果相当”将马库什结构化合物分成若干小组，每一组最好要有一个实施例来“支持”(同时有相应的效果实验数据)，比如R1=C1-3烷基，最好要有一个R1为甲基或乙基的实施例，当然还要考虑不同基团之间的组合效应。
对于首次申请来说，这是理想情形。这种理想的情形或许要等到一年左右要求优先权时才会成形。对于在先申请来说，为避免在后申请不能享有优先权，应适当的列举一些“表格化合物”(存在于表格中，当然表格只是一个形式，没有制备方法，可以有表征数据)。
这个表格化合物还可以作为一种阶段性的指导，指导研发人员今后一年的方向。
关于实施例数量，还有一点需要考虑，对药效影响大的基团(构型关系密切)以及结构改进部分，应给出更多的实施例。
3、效果实验
实验所采用的具体化合物应是明确的，不能笼统的说是“本发明化合物”。如果采用“制备实施例的化合物”等类似表述，并且能够明确所代表的化合物，也是可以接受的。
不同药物的药理实验多种多样，对于没有学过相关专业的代理师而言，在理解上可能有一定障碍。需要搞清楚的问题是：每个实验能够证明什么?结果数据为什么能够证明相关效果?需要在数据和发明效果之间架设一条坚实的桥梁，由抽象的数据通达可理解的药物效果，这座桥梁可以放在实验数据后的分析部分。
如果对系列化合物进行实验测试其效果，并设置对比化合物，从实验结果的表格中能够发现一些规律性的构效关系(最好对此进行分析说明)，进而能够划分为不同的组，就像多数情况下论文所做的研究，这当然对后续的修改和争辩有利，这也是形成权利要求层层交叉嵌套范围的基础。
但有些情况下，首次申请时相关药理实验尚未完成。
根据上面提及的，新修改的审查指南3.5.2节针对药品专利补交实验数据给出的两个例子，尽量的在此部分记载效果测试方法，甚至是实施例化合物活性数据范围的笼统记载，以方便后面补交实验数据。
上述的内容只是抛砖引玉。对于欧美重磅药物的专利，少则几十页，多则几百页，总有值得学习之处，它们才是第一手的指导资料。
